Compania Națională Administrația Canalelor Navigabile SA (CNACN) a fost înființată conform Hotărârii de Guvern nr. 519/24.08.1998, cu modificările ulterioare, pe baza fostei Regii Autonome „Administrația Canalelor Navigabile” Constanța.
Regia Autonomă „Administrația Canalelor Navigabile” Constanța a fost înființată în 1979 sub denumirea de Administrația Canalul Dunăre – Marea Neagră, fiind deținută de stat. După punerea în funcțiune a Canalului Dunăre – Marea Neagră, în 1984, societatea a preluat și monitorizarea construirii Canalului Poarta Albă – Midia – Năvodari, care a fost încheiată în 1987.